Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή κίνησε τη διαδικασία μείωσης κατά 10% των πληρωμών προς την Ελλάδα σε σχέση με τα μέτρα γεωργικών στρεμματικών ενισχύσεων και τα μέτρα ενισχύσεων αγροτικής ανάπτυξης, λόγω των συνεχιζόμενων ελλείψεων στο εθνικό σύστημα ελέγχου. Οι ελλείψεις αφορούν κυρίως το υφιστάμενο ελληνικό σύστημα αναγνώρισης αγροτεμαχίων (ΣΑΑ), το οποίο είναι αναποτελεσματικό λόγω παρωχημένων και ανακριβών δεδομένων. Πλην όμως, ένα ακριβές ΣΑΑ είναι ουσιαστικής σημασίας για την εξασφάλιση της ορθής διαχείρισης και του ελέγχου των στρεμματικών ενισχύσεων. Οι ελληνικές αρχές δεσμεύτηκαν στο πλαίσιο ενός σχεδίου δράσης που καταρτίστηκε την άνοιξη του 2006 να δημιουργήσουν ένα νέο λειτουργικό ΣΑΑ έως το τέλος του 2008, με στόχο τη διόρθωση των ατελειών του υφιστάμενου ΣΑΑ. Πρόσφατος έλεγχος εκ μέρους της Γενικής Διεύθυνσης Γεωργίας απέδειξε ότι αυτό το βασικό στοιχείο του ελληνικού σχεδίου δράσης δεν υλοποιείται σύμφωνα με το χρονοδιάγραμμα.

Η κα Mariann Fischer Boel, Επίτροπος αρμόδια σε θέματα γεωργίας και αγροτικής ανάπτυξης, δήλωσε: «Έχει σημειωθεί κάποια πρόοδος στην επίλυση των από μακρού χρόνου υφιστάμενων προβλημάτων της Ελλάδας σε σχέση με τον έλεγχο του γεωργικού τομέα. Ωστόσο, με βάση τις διαπιστώσεις του πρόσφατου ελέγχου μας, μπορώ να συμπεράνω ότι το νέο λειτουργικό ΣΑΑ πιθανόν να μην έχει δημιουργηθεί εντός της συμφωνημένης προθεσμίας που λήγει στις 31 Δεκεμβρίου 2008..»

Αν και ο πρόσφατος έλεγχος αποκάλυψε ότι έχει σημειωθεί κάποια πρόοδος, εξακολουθούν να υπάρχουν προβλήματα.
Στα προβλήματα αυτά περιλαμβάνονται:
-η καταγραφή στο σύστημα ως επιλέξιμων γαιών που δεν είναι επιλέξιμες
-οι φωτογραφίες που θα παραδοθούν στο πλαίσιο του συστήματος δεν θα καλύπτουν το σύνολο των γεωργικών γαιών της χώρας
-δεν υπάρχει διαδικασία για τη διενέργεια επιτόπιων ελέγχων σε σύντομο χρονικό διάστημα στις περιπτώσεις που τα δεδομένα του ΣΑΑ είναι ασαφή
-υπάρχουν ανησυχίες σχετικά με την πρόσληψη πρόσθετου προσωπικού
-υπάρχουν προβλήματα σχετικά με την βάση δεδομένων αναγνώρισης και καταγραφής των ζώων και τέλος
-υπάρχουν ανησυχίες σχετικά με την ταχύτητα ανάπτυξης εφαρμογών πληροφορικής για την επεξεργασία των δεδομένων.